Mit dieser kleinen Funkton in der functions.php lassen sich die P-Tags um und die BR-Tags nach Shortcodes entfernen, hier mit Filter für den Post-Inhalt und den Advanced Custom Fields WYSIWYG-Editor:

function shortcode_paragraph_fix($content)
{ 
    // Suchen und Ersetzen Strings festlegen
    $array = array (
        '<p>[' => '[', 
        ']</p>' => ']', 
        ']<br />' => ']'
    );

    return strtr($content, $array);
}
add_filter('the_content', 'shortcode_paragraph_fix');
add_filter('acf/load_value/type=wysiwyg', 'shortcode_paragraph_fix');

Alternativ lässt sich die Funktion manuell auf Inhalts-Strings anwenden die Shortcodes enthalten.